Die Dauerausstellung des Museums beginnt mit vorzeitlichen Funden aus archäologischen Grabungen. Die Ausstellungsbereiche Fischerei, Schiffbau und Hochwasserschutz befassen sich mit der Lage der Stadt an der Elbe. Mit einem biedermeierlich eingerichteten Wohnzimmer werden den Besucherinnen und Besuchern das kleinstädtische Leben und der Alltag des Ackerbürgertums nahegebracht. Weiterhin widmet sich die Präsentation den demokratisch-republikanischen und aufklärerisch-pädagogischen Bestrebungen der 1848er-Zeit. Andere Themenschwerpunkte sind die hochwertige örtliche Fliesenproduktion sowie die Zeitgeschichte des 20. Jahrhunderts. Ein besonderer Publikumsmagnet ist der „Tante Emma-Laden“ mit Produkten aus dem DDR-Lebensmittelhandel.

Als Desiderat wurde empfunden, dass es zur Wohn- und Alltagskultur der 1960er-Jahre keine Installation gibt. Diese Lücke dauerhaft zu schließen, erlaubte ein aus der Bevölkerung angebotener Möbelbestand aus einem Boizenburger Haushalt. Fördermittel flossen in den Einbau einer Medienstation in einen Schrank. Dort können Informationen abgerufen werden über die Boizenburger Geschichte und die Dauerausstellung. Zudem wurde die Instandsetzung der neogotischen Haustür des denkmalgeschützten Gebäudes gefördert.